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《农产品质量安全法》、《食品安全法》、《乳品质量安全监督管理条例》等法律法规的颁布实施，农业部配套的部门规章及强制性技术规范的制定，以及一些地方性法规或规章的相应颁布实施，都为我国农产品质量监管提供了标准依据。2008年农业部组建了履行农产品质量安全执法监管职能的农产品质量安全监管局，各省及所属地县级农产品质量安全监管专门机构相继建立，农产品质量安全已步入依法监管的新阶段。
以农产品农兽药残留标准制修订为重点，“十一五”期间共制定农业国家标准和行业标准1800多项，农业国家标准和行业标准总数已累计达到4500多项，农业标准体系逐步建立完善。启动实施了农业标准化生产示范创建活动，已创建500多个国家级农业标准化示范县（场）、819个园艺作物标准园和一大批畜禽标准化养殖小区、水产健康养殖场。
2010年新认证无公害农产品、绿色食品、有机农产品和农产品地理标志（简称“三品一标”）1.2万多个，全国“三品一标”总数达到8万个，认定产地占食用农产品产地总面积30%以上，认证农产品占食用农产品商品量30%以上。无公害农产品、绿色食品、有机农产品质量安全合格率稳定保持在98%以上。
组织实施了《全国农产品质量安全检验检测体系建设规划（2006～2010年）》，已投资建设部级农产品质量安全研究中心和专业性检验检测中心36个、部级区域性检测中心13个、省级综合性质检中心30个和县级质检站936个。“三品一标（无公害农产品、绿色食品、有机农产品和农产品地理标志）”贯通部省地县的工作机构基本建立，体系队伍不断壮大。国家农产品质量安全风险评估专家委员会依法正式组建。农产品质量安全支撑体系取得了突破性进展。
安全是人们对食品最基本的要求，滥用食品添加剂、农产品中农药残留超标、饲料中添加违禁物质、假冒伪劣食品禁而不绝、食品包装材料含有有毒有害物质、儿童食品和保健品质量不合格、配方不科学，餐饮企业经营不规范、操作不安全等陆续暴露的问题，给农产品安全管理敲响了警钟。
企业安全责任的不落实，一些食品企业和个体经营者自律意识不强，不讲诚信，甚至明知故犯、违法违规、逃避监管，导致不合格产品流入市场。政府安全监管存在薄弱环节，一些地方安全发展理念不强，重效益、轻安全问题比较突出，食品生产、流通、消费各环节监管衔接不够，全程监管、综合监管、协同执法能力较弱。食品安全制度仍有漏洞，企业产品质量控制体系不够完善。这些因素都为农产品安全埋下了隐患。
“十二五”期间，农业部将把农产品质量安全摆在更加突出的位置，全面加强监管，不断提升水平，着力提升市场竞争能力，确保农产品有效供给、消费安全。
风险管理模式对于农产品安全管理来说，是公认的最有效的管理模式。风险评估是《农产品质量安全法》和《食品安全法》对农产品质量安全、食品安全确立的一项最基本的法律制度，也是国际社会对农产品质量安全和食品安全管理的通行做法。对农产品质量安全实施风险评估，既是政府依法履行监管职责、及时发现和预防农产品质量安全风险隐患的客观需要，也是农产品质量安全科学管理和构建统一、规范的农产品质量安全标准体系的现实需要。
2011年农业部将强化农产品质量安全风险评估。加快制定农产品质量安全风险评估办法规范，积极构建以国家农产品质量安全风险评估中心为龙头、区域性风险评估实验室为主体、主产区风险评估定位监测站点为基础的风险评估体系，制定和实施风险评估监测计划，大力推进应急处置科学化。
国家农产品质量安全风险评估专家委员会将进一步加强农产品质量安全风险评估科学研究，围绕污染物毒理学评价技术、剂量反应评估技术、暴露评估技术、统计分析技术、公共模型软件设计等风险评估共性技术开展研发，针对农产品中潜在的各种生物、化学和其他外来的危害因素，加强其危害途径、机理等基础理论研究，为科学、合理和有效地进行农产品质量安全管理奠定基础；进一步加强农产品质量安全风险评估的交流合作，跟踪国际风险评估技术前沿，学习借鉴国外的先进经验和方法，提升我国农产品质量安全风险评估的技术水平；进一步加强农产品质量安全风险评估科普宣传，主动答疑解惑，营造一个政府、企业、消费者、科研教学人员等所有农产品质量安全利益相关者都了解、认识、接受和支持风险评估工作的氛围。
农业部在“十二五”期间将继续深入贯彻落实科学发展观，坚持走中国特色农业现代化道路，把加快转变农业发展方式作为主线，把农产品质量安全作为现代农业建设的关键环节，坚持“源头入手，标本兼治”，强化保障能力建设，着力构建和完善农产品质量安全标准、检测、认证、风险应急和执法监管五大体系，全面提升执法监督、风险预警、监测评估、应急处置和服务指导五大能力，推动全国农产品质量安全监管工作取得新进展。
